Zotero,最棒的文件资料管理软件

我最近迷上了一个很棒的文件资料管理软件:Zotero,可谓是科研人员的必备工具。我搜索了一下发现网上对Zotero的介绍文章大多陈旧不堪,于是我写下这篇文章来推荐一下Zotero。

简介

Zotero是一个资料管理软件。对于科研人员来说,每天需要阅读大量的文献资料,要对其进行整理、归类,方便日后写作的时候能引用、总结。这是一个相当痛苦的过程,数百上千篇文章使用文件夹进行管理,很快就会凌乱不堪。更糟糕的是,从学术网站上下载的文章,文件名大多是机器自动生成的随机名,你需要手动一个一个更改。最后,为了能在写作的文章中引用论文,你还需要手动维护一个Bibtex列表(或是其它任意的引用列表)。我相信大部分科研人员都经历了和我一样的过程,先是手动整理,后来实在崩溃了,就会到处找文档管理软件。我试过了Mac上的Papers以及Mendeley,后来选择了Mendeley,因为其跨平台并且免费。用了相当长一段时间Mendeley,但是觉得其功能单薄,不是很满意,直到遇上了Zotero。

Zotero拥有Mendeley所有的功能,文档整理、文件夹式分类、输出BibTex、小组分享等等,还拥有强大的全文搜索、Zotero Connector等等强大贴心的独有功能。Zotero不仅可以整理文档,还可以收录网页、博客、邮件、图片、视频等等,几乎就是一个Evernote和Mendeley的综合体。

下面我将向大家详细介绍Zotero的安装配置与使用心得。

Zotero安装

Zotero是免费软件,可从其官网直接下载安装:https://www.zotero.org。值得一提的是,Zotero有各个平台的Standalone版本,也可以通过安装Firefox Extension在Firefox中直接使用。我并不推荐在Firefox中使用Zotero……因为我没有Firefox。

各个平台版本的安装过程可能略有不同。在Mac上,把Zotero移入Application文件夹后第一次启动,会提示你是否安装Zotero Connector和Word processors add-in。前者是一个浏览器插件,是Zotero两大神器之一,必装。后者是字处理软件插件,目前只支持Microsoft Office和LibreOffice两种。这个可以按需安装,我从不使用Word来写paper,所以我就选择了…安装。当然即使你选择了不安装,日后需要用了,也可以在Preference->Cite中选择安装。

Zotero的配置

首先我们来配置Preference->Search项。这里我们需要安装两个xpdf插件(pdftotext和pdfinfo),从而实现Zotero第一个神级功能:全文检索。

安装好并等待全文检索Index建立好后,就可以使用全文检索啦:

检索结果如下:

我们注意到,这时候Zotero会搜索文中”multi-hop“这个关键词,而不是仅仅搜索Title/Tag里的关键词。这是Mendeley不具有的功能,非常实用。

然后我们来配置Preference->Sync同步功能。首先我们需要注册一个Zotero的账号用来同步。

值得一提的是,Zotero的免费云存储空间只有300M。我们可以通过WebDav的方式来把实际的文档存储到其它的云服务,这样就不用使用Zotero本身的付费服务了。我推荐使用坚果云,这也是我唯一找到支持WebDav并且每个月有1G免费流量的云存储服务了,希望它能越办越好!设置非常简单,注册好后就可以使用:https://www.jianguoyun.com

另外还有一种解决方法是,可以吧Preference->Advanced->Files and Folders下的Data Directory Location改到任意一个云服务(如Dropbox或iCloud),直接同步Zotero所有数据,从而实现多台电脑间Zotero的同步。

不过我不是很推荐这种方法。第一我没有试过,不知道会不会造成数据混乱。第二个这个方法会导致没法使用后文将提到的Papership(iPad上的文档管理App)。

Zotero还可以配置支持OpenURL的搜索引擎。Zotero默认就支持Google Scholar搜索。下图是添加哈佛大学的搜索引擎示意。我觉得这个功能不是很实用,就不多做介绍了:

最后,我们可以在Export里选择需要的输出格式(我自然选择BibTex了)。我还建议在General调大字体,Mac上默认是最小字体,实在是太小了。

Zotero的使用

从Mendely到Zotero

首先在Mendele中,选中要所有导出的文件,然后右键->Export,选择输出格式:RIS,保存即可

如果在Mendele中用了文件夹对文档进行分类管理,目前我的解决方法只能是一个一个文件夹导出,然后在Zotero里File->Import一个一个导入。这样Mendeley中的文件夹结构可以在Zotero里得到完整的导入。使用这种方法,文档信息和实际文档都会导入到Zotero中,非常方便。

Zotero Connector

厉害了我的哥,这就是神器啦!实际上这是一个浏览器的插件,可以自动获取页面内容并保存到Zotero里。Mendeley也有类似的功能,但是它只是一个简单的书签,只能把简单地把页面信息保存起来。而Zotero这个插件功能强大,不仅可以保存页面信息,还可以根据不同页面内容,把相应的文件、图片、视频等一起抓回来自动保存。比如我常用到的IEEEXpolore搜索,在搜到一篇文章后,Zotero Connector会把文章信息、文章简介、文档都抓回来保存好,省去了我们手动下载文件、修改文件名、手动维护BibTeX条目等等繁琐的步骤

新条目会被自动保存到当前选中的文件夹:

所以在使用这个功能的时候,我们要事先选好新增条目要放在哪个Zotero的子目录下。当用Zotero Connector获取一般网页的时候,它会把网页做一个完整的snapshot保存下来,非常方便。

Zotero Connector并不是在每个网页都可以使用,只有其支持的网页才能被激活。但是它是可以被扩展的。通过Preference->Advanced->Files and Folders->Data Directory Location,选择Show Data Directory,我们可以看到Zotero保存的所有数据,其中translators文件下的js文件,就是Zotero Connector的配置文件了,每一个js文件支持一个特定的网页,我们新增js文件即可扩展Connector。当然具体怎么扩展,就不是我这种懒人会的啦,有兴趣的读者可以查看Zotero的官方文档。

值得一提的是,使用Shadowsocks科学上网的童鞋,需要把proxy模式设置成auto proxy,全局模式下,Zotero Connector无法自动下载文件,不清楚为什么。

Zotero资料管理

Zotero既支持tag管理,也支持文件夹式管理。这就使得文件管理灵活多样。我推荐使用文件夹式管理做大方向的纵向树状管理,用tag做精细的交叉横向管理。具体说来,我会把我看的文章按研究大方向分成几个大类,比如是CS或者是通信的,然后CS下会有Big Data、Computer Network等,通信下有D2D、D2D-MIMO等。一般说来,这样的方向性分类两层是最合适的,不推荐超过三层,否则会非常分散和凌乱。而Tag非常灵活,适合根据文章内容做横向管理。比如一篇Computer Network下的文章,可能用了新的优化算法,涉及了D2D某部分应用,是某个大牛系列文章中的一篇,于是tag就可以根据这三个内容做标记。结合两者,可以很好地整理、归纳我看过的资料,搜索起来也非常方便,比Mendely不知道高到哪里去了。

Zotero里新建分组文件夹是很简单的,在左边文件夹的pannel里右键即有选项。Zotero给文章建立tags,可以点击某一篇文章,右边的信息栏选中tags,Zotero会自动列出它根据文章内容分析得到的tags列表,你可以选择其中的添加,也可以自己新建tags添加。

与Mendeley不同的是,Zotero没有内建的pdf浏览器,当你点击文件的时候,会自动打开默认的文件浏览器。这点我觉得比Mendeley赞多了。

Zotero有个小小的遗憾,就是不能够如同Mendeley那样直接添加PDF文档然后通过搜索自动补全文档信息形成新条目。我每次添加PDF文档的时候,需要新建一个新条目(手动输入内容,或是在网上搜索,通过Zotero Connector抓取回来),然后右键选择添加附件,把这个PDF放进去,这个过程稍微有些繁琐。不清楚大家在添加PDF文档的时候是否有更好的解决办法

小组分享

Zotero和Mendeley一样有分享功能。我们在软件里点击新建分享组,软件会自动打开建立新分享组的页面。你可以选择这个分享组是public的、public limited的还是Private的。

新建分组后,可以在网页里邀请新成员,也可以给每个成员设置权限(是否可以edit,是否可以邀请其它成员)。Zotero的小组分享功能比Mendeley强大很多。小小遗憾在于它需要在网页里操作,没有集成到软件里来,略有不便。

Papership

Mendeley有自己的Android/iOS Apps,而Zotero没有。于是我们就需要Papership这个App啦。这是一个很赞的iOS/Android(好吧,其实我没关注Papership是否有Android版本,我觉得有的)文件管理App,通过登录Zotero账号和在Settings->Zotero File Hosting把WebDav设置成Zotero里的WebDav即可同步所有Zotero的信息。

Papership是一个相当清爽的文件管理App。免费版不支持文档标记。我一般会将要看的文档export到这篇文章中提到的LiquitText或者GoodReader来阅读和做笔记。当然这会出现一个问题:标注后的文档如何才能保存回原来的Zotero条目中,我目前还没有什么好办法可以解决。

结语

总体说来,Zotero是一款非常棒的文件管理软件,是科研工作的好帮手,希望大家喜欢!

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